Algunos de los riesgos que puede dar el uso de esta tecnología son:

• Desequilibrio económico debido a una proliferación de productos baratos:

Uno de los riesgos de la fabricación molecular es el posible desequilibrio de la estructura económica actual, con una posible reducción masiva en el valor de muchos recursos materiales y humanos, incluyendo una gran parte de nuestra infraestructura actual.

• Riesgo personal por uso de la nanotecnología molecular por parte de criminales o terroristas:

Si ciertos aparatos, con mucho mayor fuerza y potencia y mucho menos tamaño, llegan a las manos de criminales y terroristas, éstos podrían hacer mucho daño a la sociedad. Hay el riesgo de que nuevos sistemas de seguridad y defensa contra este tipo de aparatos no se desarrollen a tiempo para ser instalados de forma inmediata o comprensiva.

Los terroristas tendrían todo a su favor para cometer sus actos de terrorismo. Se podrían fabricar armas químicas y biológicas mucho más potentes y más fáciles de esconder. Sería posible fabricar todo tipo de aparatos horrorosos, incluyendo varias variedades de armas mortales que se activan por control remoto, difíciles de detectar y evitar.

• Riesgos para las libertades personales o sociales por restricciones excesivas:

La fabricación molecular permitirá la creación de super-ordenadores muy pequeños y económicos, que en teoría podrían lanzar un programa de vigilancia permanente sobre todo el mundo. Sería fácil la fabricación masiva y barata de este tipo de aparatos de vigilancia Al tener la capacidad de fabricar billones de aparatos, cada uno con millones de partes, por un coste de unos pocos dólares, se podría aplicar a todo el mundo cualquier  tecnología automatizada aplicable a una persona.

La codicia y el poder suponen dos grandes motivaciones para ejercer niveles excesivos de control. Y la posibilidad de que el control de la nanotecnología y otras tecnologías avanzadas cae bajo el control privado supone otro factor que favorece una posible gestión abusiva.

• Desequilibrio social por nuevos productos o formas de vida:

La mayoría de las sociedades prefieren prohibir ciertos productos: se prohíben los fusiles en el Reino Unido, la sandía sin pepitas en Irán, los objetos sexuales en Téjas, ciertas drogas como la marihuana en los EE.UU., y el alcohol en las sociedades islámicas. Aunque muchas de estas restricciones se basan en principios morales no compartidos por la mayoría de la población mundial, el hecho de que existan indica la sensibilidad de las sociedades - o al menos sus gobernantes - hacia productos no deseados.

La capacidad de fabricar productos ilegales utilizando fábricas personales podría desequilibrar la sociedad y dar entrada a una normativa excesivamente rígida sobre la tecnología. Nuevas estilos de vida hechos posibles por las nanotecnología también podrían causar desequilibrios sociales.

• Carrera inestable de armas fabricadas con la nanotecnología:

Al permitir que muchos países tuviesen capacidad de destrucción global, también podría eliminar la capacidad de los países más poderosos de controlar el escenario internacional. Y al hacer pequeños grupos auto-suficientes, podría fomentar la fragmentación de naciones.

• Daños medioambientales colectivos derivados de productos no regulados:

La naturaleza compacta de maquinaria fabricada por la nanotecnología podría fomentar el uso de productos muy pequeños, que podrían a su vez convertirse con el tiempo en un tipo de nano-basura que sería difícil de limpiar y podría causar problemas de salud.

• Un mercado negro de la nanotecnología (aumenta la posibilidad y el peligro de otros riesgos):

La disponibilidad no controlada de nanotecnología molecular podría derivar de una regulación excesiva o deficiente. La regulación deficiente haría que fuese fácil el acceso a y el uso de una nano fábrica. La regulación excesiva crearía una demanda frustrada por productos desarrollados a través de la nanotecnología; una demanda que, si se hiciese lo suficientemente fuerte, financiaría el espionaje, el desarrollo independiente y, al final, el desarrollo de un mercado negro más allá de los controles de las autoridades centralizadas